При быстром сканировании осуществляется анализ запущенных процессов, библиотек, сервисов, реестра, главного меню, рабочего стола, закладок браузеров и cookies. Полное сканирование добавляет к предыдущему списку тщательный анализ оперативной памяти, жестких дисков, NTFS ADS, а также проверку системы на традиционные типы вирусов при помощи программы ClamAV.

Во время полной проверки системы Spyware Terminator создает базу данных исполняемых файлов на жестком диске. После ее создания любая попытка неизвестного приложения изменить какой-либо из модулей наталкивается на программный щит, обеспечивающий защиту в реальном времени. Разработчики стараются совершенствовать механизм автоматического принятия программой решений о целесообразности блокировки подобных действий. Настройки программы позволяют указать три типа работы профиля защиты, основываясь на степени вмешательства пользователя в работу алгоритмов.